その日、幻想郷は急な豪雨に襲われていた。

雨宿りのため、香霖堂に立ちよった博麗霊夢だったが、彼女はそこでトラブルに巻き込まれてしまう。
店主である森近霖之助が、豹変して襲いかかってきたのだ。

その圧倒的な力の前に、為す術もなく敗北してしまう霊夢。

命からがら博麗神社へと逃げ帰った彼女だったが、そこで待っていた茨木華扇の命により、
ふたたび香霖堂へと向かうことになるのだった。

今、「ゴールドスフィア」をめぐる、新たな異変の幕が切って落とされる。